что-то не совсем понял.
При запуске 1С ищет ключ на локальной машине, нашел - работает. При этом не зависит, в каком режиме работает 1С, программа ищет ключ локально, т.е на машине, на которой запустили программу.
Как вывод: два ключа, значит будет работать 1С на двух машинах.
Или тебе надо чтобы 1С можно было еще и на сервере открыть?